La gouvernance du Plan Rhône définit les orientations stratégiques et les principaux objectifs, organise la concertation et la cohérence des décisions entre les partenaires. Elle vérifie que les objectifs sont atteints, les évalue et, au besoin, réoriente les actions. Elle est chargée d'en assurer la communication.

Le Plan Rhône est piloté par deux instances :

  • le Comité directeur du Plan Rhône (CODIR) ;
  • le Comité de suivi.

Un secrétariat technique composé des représentants de tous les  partenaires du Plan Rhône prépare les réunions de ces instances, et assure au niveau technique la cohérence, l'animation et le suivi des actions entreprises. 

Le CODIR et le Comité de suivi assurent la gouvernance du Plan Rhône et du CPIER, et du POI FEDER Plan Rhône, assurant ainsi une cohérence entre les deux outils de mise en œuvre du Plan Rhône.